如何寻找与一已知蛋白质相互作用的蛋白质？如何进一步验证蛋白质之间是否确实存在相互作用（细胞内/细胞外
如何寻找与一已知蛋白质相互作用的蛋白质？如何进一步验证蛋白质之间是否确实存在相互作用（细胞内/细胞外？直接作用还是间接作用）？谢谢。



首先你得知道到哪里去找那个未知的蛋白（比如是哪个生物，哪种细胞内）；
然后可以做CoIP（中文可能是什么共沉淀），用针对那个已知蛋白的抗体去从细胞裂解液中抓出未知的蛋白；或者，把已知蛋白联到beads上，也可以抓出未知蛋白，这叫pull-down assay；

至于验证蛋白间的作用么，细胞内(in vivo）可以用FRET，或in situ PLA；细胞外（in vitro)么还是用pull-down，要用一定浓度的盐去洗，要不然可能是非特异性结合的。

你指的间接作用是指有别的蛋白做中间人？那就看你抓出来多少东西了~


五种蛋白质-蛋白质相互作用的方法，简述其中一个原理。


蛋白质分子的相互作用：一、生物大分子的相互作用：生物大分子发挥生理功能所需的三个条件：分子结构、分子运动和变化以及分子间的相互作用。 1、非共价键的左右：离子键、氢键、范德华力和疏水键。信息的传递以及利用极大地以来弱的非共价键。它们不仅决定着生物的大分子的三维结构，还决定着这些结构如何与其他结构相互作用。 2、作用力特点：分子的结合与解离二、蛋白质-蛋白质相互作用蛋白质之间相互作用的结构模式：通过蛋白质的模体或基元或者结构域而发生作用。三、DNA-蛋白质相互作用：两者之间相互作用的化学键 1、氢键：具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。 2、疏水键：暴露于大沟侧源的T-CH3集团是疏水性的，可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。 3、离子键蛋白质也属于生物大分子，存在氢键、范德华力和疏水键由于这几种作用力的存在，使得蛋白质更加稳定。


如果诱饵质粒转化后表达的诱饵蛋白本身能激活报告基因,可以用什么方法继续寻找与之相互作用的蛋白


在某些情况下，在液体培养基中培养不好的菌珠可以在固体培养基上生长得很好。首先重悬克隆于1ml的SD/–Trp，接着将重悬液平铺于5 个100-mm的SD/–Trp平板，在30℃下温浴，直至平板上的克隆相互粘在一起。用5ml 0.5X YPDA刮下每块板上的克隆，并收集到一管中，这样就可以使用这个细胞重悬液进行正常的杂交反应。该蛋白很可能有转录激活域，是个转录因子。可以通过基因重组切掉转录激活域，然后重新检测其是否自激活，但要注意重组也有可能破坏蛋白之间的互作。 可以采用以下方法解决： 1) 检测一下DNA的纯度，如果可以的话，重新用乙醇纯化。 2) DNA-BD/诱饵蛋白很可能是有毒的。 3) 不适当的培养基，重新配制培养基，并做对照转化。 4) 检测pGBT9对照载体的转化效率，放置于SD/–Trp平板上，转化效率应该在1 x 105 colonies/mg DNA以上。 在杂交中，预转化的诱饵细胞的数量可能不够。当对诱饵菌株进行液体培养过夜时，应挑选大的、新鲜的克隆进行培养，经过离心和重悬后，再使用血球计对细胞进行计数。密度应该在1 x 109/ml。 一个甚至两个融合蛋白对酵母细胞有毒。你可以通过重组方法来减轻毒性，同时又能保证蛋白的相互作用。或者使用表达水平较低的载体。也可以在琼脂平